Gmina Stary Zamość położona jest w granicach makroregionu Wyżyny Lubelskiej, w mezoregionie Działów Grabowieckich (większość obszaru) oraz mezoregionu Padołu Zamojskiego (część południowa).
Działy Grabowieckie – stanowią najwyższą część Wyżyny Lubelskiej (kulminacja 311 m – Dębowiec), wysokości względne dochodzą do 100 m. W obszarze gminy występuje wysoki poziom wyżynny w formie szerokiego garbu, pociętego licznymi wąwozami. Krajobraz jest typowo lessowy, widoczne jest działanie współczesnych procesów erozyjnych postaci suffozji.
Padół Zamojski – jest największą wklęsłą formą Wyżyny Lubelskiej, wyerodowaną w mało odpornych na wietrzenie marglach kredowych. Obszar wznosi się na wysokość 210 – 260 m n.p.m., rzeźba jest mało urozmaicona. Od Działów Grabowieckich na północ oddziela go dość wyraźna krawędź morfologiczna w postaci kwesty, utworzona na wychodnich skałach węglanowych. W krajobrazie na obszarze gminy dużą rolę odgrywa terasa nadzalewowa rzeki Łabuńki.
Surowce mineralne
Surowce mineralne jakie występują w gminie to margle kredowe w rejonie Udrycz, Chomęcisk Małych, piaski rzeczne w rejonie Borowiny Starozamojskiej oraz lessy na większości obszaru. Surowce węglanowe nie przedstawiają większej wartości jako surowiec (posiadają wysoką zawartość SiO2 i niską CaO), obszary występowania surowców ilastych i piasku wymagają rozpoznania geologicznego w celu zbilansowania zasobów.